Расцвета Батурин достиг за гетмана Ивана Мазепы с 1687 до 1708 года. 21 года его правления гетманщина переживала экономический и культурный подъем и политически стабилизировалась. Гетман был покровителем украинской православной церкви, образования, архитектуры и искусства на Украине. Он построил за свой счет 12 новых и отремонтировал 20 старинных храмов, а также несколько дворцов, монастырей и коллегиумов. Среди них самые известные: коллегиум и Троицкий собор в Чернигове, собор этого монастыря под Лубнами, Могилянская академия, Софийский, Михайловский Златоверхий и Успенский Лаврский соборы в Киеве. Надвратная церковь Святой Троицы и всех святых в Киево-Печерской лавре. Гербы Мазепы сохранились на стенах и строительных плитах этих сооружений. Гетман развивал и укреплял свою столицу. В 1692 – 1696 годах он построил главный собор Батурина: Никольскую, Святой Троицы, Воскресенскую, Покровскую и Введенскую церкви. К сожалению, все эти сооружения были разрушены во время нападения на гетманскую столицу царских войск. Единственным сооружением 17 века, которое сохранилось до нашего времени в Батурине, есть Каменица Кочубея. Сейчас здесь размещается музей заповедник “Гетманская столица”. С 1698 году она стала собственностью генерального судьи Василия Кочубея, который писал доносы на Мазепу к русскому царю и позже был казнен гетманом. Его дочь красавицу Матрену полюбил овдовевший гетман. Мазепа строил военный арсенал Батурина. Артиллерия гетмана насчитывала более 70 пушек. Самая большая из них под названием Лев была вывезена в Москву в качестве трофея и находится в Кремле.